后勤管理处作为学校行政职能部门，主要工作职责负责学校日常基建维修、车辆管理、水电运行、校园绿化与保洁、餐饮服务、公寓管理和对第三方企业经营监督管理等后勤保障及服务工作，在学校的建设、稳定和发展中发挥着重要作用。后勤管理处下设基建修缮科、校园管理科、能源管理科、交通服务中心、膳食管理科、学生公寓管理科、质量管理科及房产科。校园卫生保洁、公寓管理、学生食堂、校园绿化均实行了后勤社会化。

后勤管理处坚持贯彻“三全育人”理念，强化“三服务、三育人”意识，把育人工作渗透到平时工作的方方面面，形成一个整体，营造出浓厚的育人氛围，实现全程育人、全员育人、全方位育人的育人目标。各部门积极协调，创新工作思路，加强安全与质量监督管理，强化员工队伍建设，完善内部运行机制，提升服务水平，提高工作效益，为学校教育事业的发展和广大师生员工的生活提供优质高效的后勤保障。

后勤管理处全体职工秉承“笃学、精业、修德、厚生”的校训精神，站在新起点，适应新要求，完成新使命，实现新发展，紧紧围绕学校“全国知名，区域一流”高水平医科大学这一目标，凝心聚力，奋发图强。先后荣获“安徽省绿化模范单位”、“安徽省园林式单位”、“安徽省节约型公共机构示范单位”、“安徽省能源资源计量示范单位”、“安徽省节水型单位”、“国家级节约型公共机构示范单位”、“安徽省高校餐饮行业先进集体”、“蚌埠市餐饮服务标准化管理示范教学基地”、“蚌埠市消费扶贫联盟单位”等荣誉称号。